En los bosques seculares de los aborígenes CUBICOS, el hijo de Duchicela demostraba su habilidad ante la reina quiteña TOA, en la cacería de jaguares, lobos y otros animales salvajes. Se asienta en una gran meseta rodeada por los cerros: Panznahurco, Cahuilti, Tajamar, Chipo y Chingazo, su suelo muy fértil produce maíz, verduras, hortalizas y cabuya, entre las grutas: capulíes, duraznos, tunas, reina claudias e higos. Su nombre aborigen CUBIJEN significa “cobijas”, dentro de la confederación Puruhá, Cubijíes fue asiento de una tribu muy aguerrida cuyos jefes eran el cacique CUBI y su esposa JIES, siendo un acto muy ceremonioso el baño de los caciques en las aguas termales junto al río Guano. Una que otra huella de familias aborígenes hacen reconstruir el paso de los Cuji, Vacacela, Quishpilema, Guachay, Aulla, Paltán, Yumbi, Moyota, Gadovay, Quishpillo, Humala, Viñan, Vizhuete, etc.

Ya en la Colonia, Cubijíes aparece con mayor población por lo que fue tomada en cuenta para su fundación española, allá por el año 1600. En 1766, participó en la sublevación que encabezaron los indios de Guano contra el maltrato de los españoles. En la época Republicana, al decretarse la cantonización de Guano, el 20 de Diciembre de 1945, Cubijíes pasó a formar parte de este como parroquia rural pero, a pesar de su cercanía, ninguna atención recibía de las autoridades municipales, motivo por el cual comenzó una tenaz lucha por la separación. Calpi y Quimiag lo consiguieron en 1860 pero Cubijíes demoro más, hasta que, bajo la iniciativa y esfuerzo del Teniente Político señor Vicente Samaniego, el 6 de Noviembre de 1955 el presidente Dr. José María Velasco Ibarra mediante decreto la anexo a Riobamba. Cubijíes también fue sitio de descanso y preparación de las tropas liberales del General Eloy Alfaro que, en Julio de 1896 pasaron a dar el combate de Chambo y Quimiag, venciendo a los conservadores que comandaban.

En el año de 1845 sus parcialidades les han sido anexadas a Guano, de quien ha dependido hasta la incorporación al cantón Riobamba el 6 de noviembre de 1955, el presidente Dr. José María Velasco Ibarra firmó el ejecútese del Decreto de incorporación a Riobamba. El pueblo de Cubijíes fue fundado por Antonio Clavijo y creado como parroquia rural del cantón Guano por la ley de división territorial del 29 de mayo de 1861 en la presidencia del Dr. Gabriel García Moreno. Posteriormente pasó a pertenecer al cantón Riobamba el 6 de noviembre de 1955 durante la presidencia del Dr. José María Velasco Ibarra, quien firmó el ejecútese del decreto de incorporación, publicado en el registro oficial No.988 del 7 de diciembre del año en mención.
Cubijíes es uno de los pueblos más antiguos de la provincia de Chimborazo, sobre el origen de su nombre existen varios criterios e hipótesis, pero el más generalizado concuerda con el de los demás pueblos de la comarca que tomaron el nombre de uno de sus caciques.